多能干细胞：具有分化出多种细胞组织的潜能，但失去了发育成完整个体的能力。如间充质干细胞、皮肤干细胞等。
单能干细胞：只能向一种类型或密切相关的两种类型的细胞分化。如上皮组织基底层的干细胞、肌肉中的成肌细胞。


按发育阶段分类：
胚胎干细胞：是由早期胚胎内细胞团(Inner cell mass ICM)(桑葚胚，囊胚)或原始生殖细胞(Primordial germ cells PGCs)经体外分化抑制培养筛选出的一种多潜能细胞。具有发育的全能性，可以自我更新并具有分化出成体动物的所有组织和器官。
成体干细胞：存在于一种已经分化组织中的未分化细胞，这种细胞能够自我更新并且能够特化形成组成该类型组织的细胞。成体干细胞存在于机体的各种组织器官中。成年个体组织中的成体干细胞在正常情况下大多处于休眠状态，在病理状态或在外因诱导下可以表现出不同程度的再生和更新能力。